CRISPR–Cas13d, Terobosan Baru dalam Bioteknologi Tanaman

CRISPR–Cas13d merupakan bagian dari sistem CRISPR kelas 2, dengan tipe lokus VI-D, yang menargetkan editing RNA, berbeda dengan Cas9 yang mentargetkan editing DNA. Sistem ini kini menjadi perhatian karena memberikan pendekatan baru dalam teknik genom editing pada tanaman, khususnya dalam manipulasi pascatranskripsi dengan tanpa mengubah genom tanaman secara permanen. Sistem ini pertama kali teridentifikasi dari bakteri anaerob seperti Ruminococcus dan Eubacterium. Keunggulan dari Cas13d karena ukuran enzimnya yang kecil (~930 asam amino) dan efisiensinya dalam memotong RNA target secara lebih spesifik.

Struktur dan Mekanisme Cas13d

Cas13d memiliki struktur bilobed dengan domain utama: Recognition (REC) dan Nuclease (NUC). Domain NUC memuat dua domain HEPN (Higher Eukaryotes and Prokaryotes Nucleotide-binding), yang berperan sebagai pusat katalitik pemotongan RNA. Cas13d bekerja dengan crRNA yang memandu ke RNA target, membentuk kompleks ternary (Cas13d-crRNA-ssRNA) untuk pemotongan yang spesifik. Keunikan Cas13d adalah kemampuannya memproses pre-crRNA tanpa memerlukan protospacer flanking sequence (PFS), sehingga fleksibel menarget RNA jenis apa pun.

Aplikasi CRISPR–Cas13d dalam Bioteknologi Tanaman

1. Resistensi terhadap Virus Tanaman

Cas13d telah digunakan untuk mengembangkan tanaman yang tahan terhadap berbagai virus RNA seperti potato virus Y (PVY), tobacco mosaic virus (TMV), dan rice stripe mosaic virus (RSMV). Studi menunjukkan Cas13d (CasRx) lebih efektif daripada Cas13a/b dalam menghambat replikasi virus di tanaman model seperti Nicotiana benthamiana. Cas13d mampu menarget virus tanpa aktivitas kolateral yang tidak diinginkan.

2. Pengendalian Hama

Cas13d juga diuji untuk mengganggu ekspresi gen esensial pada hama, contohnya pada planthopper mata putih (Sogatella furcifera). Sistem Cas13d-SPc (nanopartikel) berhasil menurunkan ekspresi gen SfTO, menyebabkan perubahan fenotip mata Sogatella furcifera menjadi merah sebagai indikator keberhasilan knockdown gen target.

3. Diagnostik Virus Secara Cepat

Cas13d dikombinasikan dengan teknologi tRNA-processing system (PTG) dapat digunakan untuk mendeteksi RNA virus tanpa amplifikasi, memungkinkan deteksi virus di tanaman dalam waktu <30 menit, berpotensi mendukung pengendalian penyakit di lapangan.

4. Regulasi Multi-gen

Cas13d memungkinkan knockdown simultan beberapa target RNA (misalnya miRNA, lncRNA, circRNA) dengan satu crRNA array, membuka peluang riset regulasi gen dan jalur metabolisme dalam tanaman.

Kelebihan dan Tantangan

Kelebihan:

1. Ukuran kecil, mudah diintegrasikan ke dalam vektor ekspresi.
2. Tidak memerlukan PFS → target RNA lebih fleksibel.
3. Aktivitas tinggi, risiko off-target minimal dalam tanaman.
4. Dapat diprogram untuk multi-target RNA editing.

Tantangan:

1. Masih terbatasnya data preferensi guide RNA pada tanaman.
2. Desain guide RNA untuk aplikasi high-throughput perlu dioptimalkan.
3. Efektivitas Cas13d dalam berbagai spesies tanaman memerlukan validasi lebih lanjut.

Prospek Masa Depan

Dengan kemajuan riset, Cas13d diharapkan menjadi alat utama untuk: Perbaikan ketahanan tanaman terhadap patogen.Studi fungsi gen dalam skala transkriptom. Pengembangan varietas tanaman baru melalui regulasi ekspresi RNA spesifik. Diagnostik cepat untuk pemantauan kesehatan tanaman.

Upaya lebih lanjut dalam optimasi desain guide RNA dan integrasi dengan teknologi delivery (seperti nanomaterial) akan memperluas aplikasi Cas13d dalam bioteknologi tanaman modern.

Referensi:

Sarkar, J., Jyoti, T.P., Sahana, S. et al. CRISPR–Cas13d in plant biology: an insight. Plant Biotechnol Rep 18, 301–311 (2024). https://doi.org/10.1007/s11816-024-00893-6

Artikel Selengkapnya...

Parkirologi, Jurusan Baru yang Gajinya Bisa Mengalahkan Lulusan S2 & S3

Yogyakarta kembali bikin geger, bukan karena demo mahasiswa atau konser Sheila on 7, tapi karena eksperimen seorang mahasiswa yang banting setir jadi tukang parkir selama seminggu. Hasilnya mengejutkan. Rp 2,5 juta cair, cash, tanpa revisi, tanpa skripsi, dan yang paling penting: tanpa tanda tangan dosen pembimbing.

“Wkwkwkwk... Ngalahin gaji dosen lulusan S2-S3 di kampus Jogja yg masih level Asisten Ahli!” tulis netizen, setengah ngakak setengah nangis. Ironis? Tentu. Kocak? Jelas. Miris? Sangat.

Coba bayangkan, seorang dosen yang kuliah bertahun-tahun, melewati badai tesis, publikasi dan disertasi, cuma dibayar seadanya. Sementara mahasiswa yang biasa ngopi di angkringan dan nugas mepet deadline, tiba-tiba bisa ngalahin slip gaji dosennya cuma dengan rompi oranye dan peluit. Kalau ini bukan plot twist hidup, entah apa lagi namanya.

Mungkin sudah saatnya universitas membuka jurusan baru: Parkirologi Terapan. Kurikulumnya simpel:

·         Semester 1: Teknik Peluit dan Bahasa Tubuh

·         Semester 2: Manajemen Uang Receh dan Strategi "Mas, Parkirnya 2 ribu Ya"

·         Semester 3: Etika Menunduk Saat Dikasih Uang

·         Semester 4: Magang di Pasar, Mall, Mie Gacoan dan Warung Kopi Hits

Lulusannya dijamin cepat kerja, tidak terikat jam kerja, dan bebas skripsi. Bandingkan dengan mahasiswa jurusan sastra atau fisipol yang lulusannya kadang masih bingung antara idealisme dan isi dompet.

Tapi jangan salah, ini bukan ajakan untuk menyerah pada dunia akademik. Pendidikan tetap penting, Lik! Minimal buat ngerti kalau uang Rp 2.500.000 seminggu itu berarti Rp 10 juta sebulan. Cuma, eksperimen ini bikin kita bertanya: kenapa yang berkeringat & harus mikir malah kalah sama yang berkeringat ngatur motor?

Mungkin jawabannya sederhana: di Indonesia, gelar bukan jaminan sejahtera, tapi parkir bisa. Dua ribumu tidak akan membuatmu miskin, tapi bisa membuat mereka kaya raya

Artikel Selengkapnya...

Gabungkan Kemampuan, Fokus pada Tujuan

Dalam kehidupan di masa kini yang serba cepat dan penuh tantangan, kita sering kali terjebak dalam keraguan akan kemampuan pada diri sendiri. Sebenarnya kita memiliki berbagai bakat, minat, dan keterampilan, namun merasa bingung harus memulai dari mana. Sebuah ilustrasi dari sebuah pena multi warna di samping menyampaikan pesan sederhana namun mendalam:

Gabungkan semua keterampilanmu, dan fokuslah pada satu hal.

Pena tersebut memiliki banyak warna, masing-masing mewakili beragam keterampilan atau potensi dalam diri kita. Namun, saat digunakan, hanya satu warna yang keluar. Inilah simbol kekuatan fokus. Dalam dunia yang penuh distraksi, kemampuan untuk menyatukan potensi yang tersebar dan mengarahkannya pada satu tujuan adalah kunci menuju kesuksesan.

Banyak orang belum berhasil mencapai kesuksesan bukan karena kurang berbakat, melainkan karena tidak tahu bagaimana mengintegrasikan potensi mereka secara lebih terarah. Mereka mencoba terlalu banyak hal sekaligus, tanpa pernah benar-benar mendalami satu bidang yag ia minati dan menjadi bakatnya. Padahal, ketika semua kemampuan kita, baik itu kreativitas, ketekunan, komunikasi, logika, atau empati, digabungkan dan diarahkan pada satu tujuan, maka hasilnya akan sangat luar biasa.

Fokus bukan berarti membatasi diri, melainkan memilih dengan bijak ke mana fokus energi kita disalurkan. Gabungan kemampuan tanpa arah hanyalah kekuatan yang terdistraksi, namun ketika diarahkan, ia menjadi kekuatan yang akan mampu menembus batas.

Mulailah dengan mengenali apa saja kemampuan yang kita miliki. Jangan meremehkan satu pun. Kemudian, pilih satu tujuan yang benar-benar bermakna dalam hidup kita. Setelah itu, kerahkan semua potensi itu untuk mendukung pencapaian dari tujuan tersebut. Seperti ilustrasi pena di atas, kita bisa memiliki banyak warna, tapi fokuslah untuk menulis atau menggambar dengan satu garis yang kuat dan jelas.

Artikel Selengkapnya...

Jurnal Predator: Ancaman Bagi Integritas Publikasi Ilmiah

Dalam era perkembangan pesat publikasi ilmiah jurnal berbasis open access, hadir fenomena mengkhawatirkan berupa predatory journals atau jurnal predator. Istilah ini diperkenalkan pertama kali oleh Jeffrey Beall, seorang pustakawan dari University of Colorado Amerika Serikat, untuk menyebut penerbit yang mengeksploitasi skema open access demi keuntungan pribadi semata, dengan mengorbankan integritas ilmiah dan etika publikasi. Elmore dan Weston (2020) dalam Brief Communication di jurnal Toxicologic Pathology memberikan penjelasan yang cukup komprehensif bagi para penulis agar dapat mengenali dan menghindari jebakan dari jurnal predator.

Ciri-Ciri Jurnal Predator

Jurnal predator sekilas terlihat sekan-akan seperti jurnal ilmiah yang bereputasi, namun sejatinya menjalankan praktik yang tidak etis. Beberapa ciri utama dari jurnal predator diantaranya:

• Tidak ada review jurnal atau jika mengklaim adanya peer review, tidak dilakukan secara benar atau hanya formalitas semata.
• Memasang metrik seperti impact factor palsu yang tak dapat diverifikasi.
• Menawarkan janji publikasi dalam waktu sangat cepat dan tidak realistis (hitungan hari dan minggu).
• Menerima artikel apa pun selama penulis membayar, tanpa memperhatikan mutu konten atau relevansinya dalam dunia akademik.
• Mencantumkan dewan editor palsu atau tanpa izin mereka.
• Menggunakan nama atau situs yang mirip dengan jurnal ternama.
• Kurang transparan soal biaya publikasi (article processing charge, APC) hingga penulis terjebak membayar mahal tanpa adanya pemberitahuan sebelumnya.

Dampak Negatif Publikasi di Jurnal Predator

Publikasi di jurnal predator memiliki konsekuensi serius, antara lain:

1. Merusak kualitas komunikasi ilmiah: Artikel bermutu rendah atau bahkan menyalahi metodologi ilmiah dapat lolos tanpa tinjauan dari pakar secara obyektif (blind review), sehingga berisiko menyebarkan informasi yang salah dan menghambat kemajuan ilmu pengetahuan.
2. Mengurangi visibilitas dan dampak riset: Jurnal predator jarang diindeks di basis data bereputasi seperti WOS atau SCImago. Akibatnya, karya penulis sulit ditemukan dan jarang dikutip oleh peneliti lainnya.
3. Kerugian finansial dan kehilangan karya: Penulis harus membayar APC dengan biaya tinggi, namun artikel bisa dipublikasikan tanpa persetujuan (tanpa proses Galley Proof) terlebih dahulu atau bahkan artikel dapat terhapus dari database tanpa pemberitahuan kepada penulis, sehingga sulit diterbitkan ulang di jurnal lain.

Strategi Menghindari Jurnal Predator

Beberapa langkah praktis yang dapat kita lakukan untuk menghindari Jurnal Predator, di antaranya:

• Periksa penulisan dan tata bahasa di archive situs jurnal tersebut; banyaknya kesalahan typo pada paper bisa menjadi indikator adanya penipuan.
• Pastikan proses peer review dan biaya publikasi tercantum dengan jelas di website jurnal.
• Cek apakah jurnal terindeks di database kredibel seperti WOS atau SCImago.
• Verifikasi keanggotaan jurnal di organisasi etika publikasi seperti COPE, DOAJ, atau OASPA.
• Manfaatkan alat bantu seperti Think. Check. Submit. untuk menilai kredibilitas jurnal.

Jurnal predator merupakan ancaman nyata bagi dunia akademik karena dapat menggerus kepercayaan publik terhadap publikasi ilmiah. Oleh sebab itu, penting bagi dosen dan peneliti untuk bersikap kritis, teliti, dan memanfaatkan sumber daya yang tersedia guna memastikan jurnal yang dituju benar-benar bereputasi. Dengan begitu, integritas ilmiah tetap terjaga, dan upaya riset yang dilakukan dapat memberikan kontribusi nyata bagi ilmu pengetahuan.

Referensi:

Elmore SA, Weston EH. Predatory Journals: What They Are and How to Avoid Them. Toxicologic Pathology. 2020; 48 (4):607-610. doi:10.1177/ 0192623320920209

Artikel Selengkapnya...

Halal Haram Investasi Saham: Menakar Etika dan Hukum dalam Perspektif Syariah

Investasi saham merupakan salah satu bentuk pengembangan harta yang semakin populer saat ini. Namun bagi seorang Muslim, pertanyaan besar yang sering mengemuka adalah: Apakah investasi saham itu halal? Pertanyaan ini tidak bisa dijawab secara sederhana karena investasi saham melibatkan banyak aspek yang harus ditinjau dari perspektif syariah. Dalam pandangan Islam, kehalalan suatu bentuk muamalah -termasuk di dalamnya investasi-sangat ditentukan oleh objek, sumber, dan cara transaksi yang digunakan.

Dalam konteks ini, para ulama kontemporer telah menetapkan sejumlah syarat agar suatu investasi saham dapat dinyatakan halal, yang secara garis besar dapat dikategorikan dalam empat poin utama:

1. Emiten Bergerak di Sektor yang Halal dan Memproduksi Barang atau Jasa yang Halal

Hal pertama yang menjadi dasar kehalalan investasi saham adalah sektor usaha dari emiten tersebut. Investasi saham dianggap halal jika perusahaan tersebut bergerak di bidang usaha yang tidak bertentangan dengan prinsip syariah, seperti: Tidak memproduksi atau menjual minuman keras. Tidak bergerak di bidang perjudian, pornografi, riba, atau produk haram lainnya

Allah سُبْحَانَ ٱللَّٰهِ هُوَ تَعَالَى berfirman:

"Hai orang-orang yang beriman, makanlah dari rezeki yang baik-baik yang Kami berikan kepadamu..." (QS. Al-Baqarah: 172)

Kata "thayyib" menunjukkan bahwa harta atau sumber pendapatan harus bersih dan halal.

2. Modal Perusahaan Bersumber dari Dana yang Halal

Sumber pendanaan perusahaan juga menjadi pertimbangan penting dalam hukum investasi saham. Perusahaan tidak boleh menjadikan utang berbasis riba sebagai sumber utama pendanaannya. Dalam hal ini, terjadi perbedaan pendapat di kalangan ulama:

Syaikh Shaleh Al-Fauzan (anggota Haiah Kibaril Ulama Saudi Arabia) berpendapat bahwa perusahaan tidak boleh memiliki utang riba sama sekali, karena riba termasuk dosa besar yang secara tegas diharamkan dalam Islam. à Cari emiten syariah dengan debt to equity rationya (D/E) 0%

Sebagian ulama kontemporer lain (seperti anggota AAOIFI dan DSN-MUI) menggunakan analogi fiqih (qiyas) dengan hukum air:

"Jika air sebanyak dua qullah tidak berubah warna, rasa, atau baunya meskipun terkena najis, maka ia tetap suci."

Maka, jika porsi hutang ribawi dalam modal perusahaan sangat kecil dan tidak dominan (misalnya <5%), maka sahamnya masih boleh dimiliki.

Standar Syariah:

• Arab Saudi (Tadawul Shariah Index): Debt-to-Equity Ratio maksimal 5%
• Indonesia (Indeks Saham Syariah Indonesia / ISSI): Toleransi hutang berbasis bunga maksimal 45% dari total ekuitas

"Allah menghalalkan jual beli dan mengharamkan riba." (QS. Al-Baqarah: 275)

3. Emiten Tidak Melakukan Corporate Action yang Mengandung Unsur Riba

Corporate action adalah kebijakan strategis perusahaan yang berdampak langsung pada nilai saham. Dalam Islam, corporate action yang mengandung unsur riba atau spekulasi haram tidak diperbolehkan, seperti:

• Repo (Repurchase Agreement): Kontrak jual beli dengan janji membeli kembali di kemudian hari dengan harga lebih tinggi, mengandung unsur riba.
• Margin trading: Membeli saham dengan dana pinjaman berbunga dari broker juga tergolong riba.

Namun, tidak semua corporate action haram. Stock split dan reverse stock split yang hanya memecah atau menggabungkan nilai nominal saham, selama tidak ada unsur riba atau manipulasi pasar, masih diperbolehkan, asalkan transparan dan tidak disertai praktik haram.

"Dan tolong-menolonglah kamu dalam (mengerjakan) kebajikan dan takwa, dan jangan tolong-menolong dalam berbuat dosa dan pelanggaran." (QS. Al-Maidah: 2)

4. Tidak Menggunakan Margin Sekuritas dalam Transaksi Saham

Penggunaan margin atau pinjaman dalam jual beli saham -di mana investor membeli saham menggunakan dana pinjaman dari sekuritas dengan bunga tertentu jelas mengandung unsur riba dan dilarang dalam Islam.

Hal ini berbeda dengan akad musyarakah atau mudharabah, di mana ada kerja sama bagi hasil yang sesuai prinsip syariah.

Rasulullah -Shallallahu ’alaihi wasallam-bersabda:

"Rasulullah melaknat pemakan riba, pemberi riba, pencatatnya, dan dua saksinya." (HR. Muslim)

Investasi saham dalam Islam pada dasarnya mubah (boleh), namun menjadi haram bila melanggar prinsip-prinsip syariah. Oleh karena itu, seorang Muslim yang ingin berinvestasi wajib memperhatikan aspek-aspek berikut:

Pastikan perusahaan bergerak di sektor yang halal. Tinjau struktur keuangan perusahaan, khususnya keberadaan utang berbasis bunga. Hindari perusahaan yang melakukan kebijakan yang mengandung riba. Gunakan mekanisme transaksi yang bebas dari riba, termasuk tidak menggunakan margin trading.

Investasi bukan sekadar mengincar keuntungan duniawi, tetapi juga harus membawa keberkahan dan keridhaan Allah. Dengan memahami kaidah syariah dalam berinvestasi, kita dapat menjadi investor yang tidak hanya cerdas secara finansial, tetapi juga saleh secara spiritual.

Referensi:

• Al-Qur’an, Surah Al-Baqarah: 172, 275
• Surah Al-Maidah: 2
• HR. Muslim, Hadis tentang riba
• Fatwa DSN-MUI No. 135/DSN-MUI/VIII/2020 tentang Saham Syariah
• Syaikh Shaleh Al-Fauzan, Syarh al-Mulakhkhas al-Fiqhi, dan ceramah-ceramahnya di laman resmi Haiah Kibaril Ulama
• AAOIFI (Accounting and Auditing Organization for Islamic Financial Institutions) Standards

Artikel Selengkapnya...

Di Tengah Minimnya Dana Riset, Publikasi Ilmiah Indonesia Tembus Peringkat 37 Dunia versi Scimago

Jika kita membuka laman Scimago Journal & Country Rank, sebuah portal website berbasis data dari publikasi Scopus yang mengukur produktivitas ilmiah tiap negara, maka kita akan melihat bahwa dominasi Amerika Serikat masih sangat kuat. Jumlah publikasi ilmiah dari Negeri Paman Sam jauh melampaui negara lain. Namun, China dengan laju eksponensialnya kini menduduki peringkat kedua dan diprediksi akan segera menyalip AS dalam waktu dekat.

Di tengah hegemoni dua raksasa tersebut, posisi Indonesia ternyata cukup mengejutkan: kita berada di peringkat ke-37 dunia dalam output artikel jurnal ilmiah. Dalam konteks ini, Indonesia cukup unggul dari beberapa negara berkembang lainnya, bahkan dari sebagian negara yang cukup maju seperti New Zealand, Irlandia, bahkan Argentina. Di satu sisi, ini layak kita syukuri dan banggakan. Di sisi lain, hal ini menunjukkan adanya potensi besar yang kita miliki, jika para periset (kampus dan lembaga penelitian) didukung dengan kebijakan yang berpihak pada dunia sains & teknologi.

Bandingkan dengan peringkat Indonesia di FIFA yang sayangnya masih di kisaran 130-an dunia. Maka bisa dibilang, peringkat ilmiah kita di dunia jauh lebih “Kompetitif” dibanding peringkat sepakbola kita. Tentu, membandingkan keduanya mungkin seperti membandingkan apel dan jeruk, tapi ini menjadi cermin menarik, di bidang yang sering dipandang sepi, dan kurang menarik secara politik, kita justru tampil lebih baik.

Ketimpangan Dana dan Output Riset

Namun, mari kita bicara tentang satu hal yang sangat penting tapi sering luput dari perhatian: yakni tentang dana riset. Negara-negara dengan output jurnal tinggi memang umumnya memiliki investasi besar di bidang R&D (Research and Development). Berikut adalah perbandingan dana riset dari beberapa negara versi UNESCO dan OECD, 2023:

Negara	% PDB untuk R&D	Jumlah Publikasi (Scimago)
Amerika Serikat	3,45%	>1.200.000 artikel
China	2,55%	>1.000.000 artikel
Korea Selatan	4,81%	~350.000 artikel
Jepang	3,26%	~400.000 artikel
Jerman	3,14%	~450.000 artikel
Indonesia	0,24%	~31.000 artikel

Data ini menunjukkan bahwa output riset Indonesia sebenarnya tidak jelek-jelek amat jika dibandingkan dengan skala investasinya yang masih "ala kadarnya". Dengan anggaran hanya sekitar 0,24% dari PDB, hasil publikasi kita bisa dibilang cukup efisien. Namun, efisiensi ini tidak bisa terus-menerus diandalkan tanpa peningkatan kualitas dan infrastruktur yang memadai.

Pentingnya Menjadikan Riset sebagai Prioritas Bangsa

Riset bukanlah kemewahan. Ia adalah fondasi sebuah negara. Negara-negara yang mampu mengembangkan teknologi sendiri, menciptakan solusi atas masalah internal, dan membentuk kemandirian intelektual adalah negara yang mampu bertahan dalam jangka panjang. Riset adalah jalur menuju kedaulatan pangan, energi, kesehatan, hingga pertahanan dan keamanan.

Sebagai contoh, Vietnam, yang kini mulai menyalip Indonesia dalam beberapa indikator riset, telah menjadikan science and technology sebagai bagian dari strategi nasional. Mereka memahami bahwa pertumbuhan ekonomi dan daya saing global tak mungkin berkelanjutan tanpa fondasi riset yang kuat.

Indonesia pun harus mulai bergerak ke arah yang sama. Laboratorium yang memadai, sistem insentif bagi peneliti, kolaborasi antara kampus dan industri, serta keterbukaan akses terhadap data dan pendanaan harus diperbaiki secara sistemik. Dana riset bukan hanya soal anggaran, tapi soal visi dan misi jangka panjang.

Jika kita bisa bangga dengan peringkat ilmiah Indonesia di Scimago, maka itu adalah sinyal bahwa kita sebenarnya punya potensi besar. Tapi potensi saja tidaklah cukup. Tanpa dukungan ruang fiskal dan struktural yang kuat, potensi itu akan stagnan atau justru ditinggal negara lain. Maka, sudah saatnya riset menjadi prioritas nasional, bukan sekadar pelengkap visi misi saat musim kampanye.

Dan jika ada yang berkata, "Indonesia hanya jago bikin paper tapi aplikasinya mana?", maka jawabannya justru ada di sana: perbaiki jembatan antara riset dan implementasinya. Bangsa besar tidak lahir dari retorika, tapi dari kerja sunyi para ilmuwan yang diberi ruang untuk tumbuh dan berkarya.

Artikel Selengkapnya...